秘境石在地下城堡3：魂之诗中主要用于开启和进入名为秘境的特殊挑战关卡，这是游戏核心玩法之一，能够提供包括魂、以太、装备材料以及独特迷物在内的丰厚资源。玩家需要明确的是，秘境并非单一副本，而是一系列难度递增的独立关卡，例如秘境7、秘境8、秘境12等，每一层都有其独特的机制与敌人，因此合理使用秘境石并充分准备是成功挑战的前提。
秘境石的获取途径多样，通常与游戏进程紧密相关。部分秘境石的获取需要完成特定的主线或外传任务，例如在完成源世界腐水泽国的主线后，通过特定传送点可解锁后续地图并关联秘境进入权限，而一些外传关卡本身也需要消耗秘境石进入。另一种常见方式是通过推进主线剧情获得关键道具（如沙漏），再前往指定地点（如世界树）与NPC对话后领取，这通常是解锁新秘境区域的标准流程。
使用秘境石进入秘境后，玩家将面临连续层数的挑战，其操作核心在于队伍配置与策略应对。不同的秘境对阵容有特定要求，例如部分秘境需要队伍中拥有能够稳定承受高额伤害的坦克，且治疗角色需要达到一定的进阶等级（如月阶）才能保证生存；另一些秘境则对输出模式有要求，比如面对会召唤分身或拥有特殊回血机制的敌人时，携带多段攻击或能附加毒、损毁等减益状态的英雄会更加有效。在挑战前，根据关卡特点调整队伍的技能设置、符文搭配和食物加成是必不可少的操作。
秘境内部往往包含分支路线、随机事件和关键选择，这些都需要玩家谨慎操作。例如在某些秘境中，玩家会在固定楼层遇到岔路口或特殊房间，选择不同的方向可能会遭遇战斗、获取资源或触发影响后续关卡的特殊机制（如虚空印记累积、获得临时强化或减益迷物）。部分秘境还存在独特的解谜元素，如按照特定顺序放置材料、在迷宫中根据提示选择正确方向等，错误的选择可能导致挑战难度陡增甚至直接失败。在秘境中探索时，仔细阅读事件描述并理解其长期影响至关重要。
成功通过秘境挑战后，玩家将获得相应的奖励，这是使用秘境石的核心收益。奖励内容通常包括大量用于角色升级的魂、用于装备打造的以太以及各类稀有材料。首次打通秘境的整十层（如30层、40层）往往会给予特殊奖励，后续重复挑战则能稳定获取以太等资源。部分高难度秘境的最终首领还会掉落专属的饰品或装备图纸，这些物品对于优化队伍构建、应对更高级别的挑战具有显著价值。
